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La consulta Mysql ejecutada dos veces debe ser más rápida la segunda vez, incluso con SQL_NO_CACHE

Según el motor de almacenamiento que esté utilizando, sí, lo más probable es que se esté cargando desde un caché de datos y no desde un caché de consultas.

MyISAM no proporciona almacenamiento en caché a nivel de motor de almacenamiento para datos y solo almacena índices en caché. Sin embargo, el sistema operativo a menudo proporciona datos de sus propios cachés, lo que puede estar acelerando la ejecución de su consulta.

Puede intentar comparar la consulta en un escenario real, simplemente registre esa consulta específica en la base de datos cada vez que se ejecute (junto con su tiempo de ejecución).