Como mencionó Juergen, puede hacerlo a nivel del sistema en lugar de a nivel de sesión haciendo el siguiente cambio (o agregando) en el archivo my.ini:
auto-increment-increment = 2
auto-increment-offset = 1
o
auto-increment-increment = 2
auto-increment-offset = 2
Básicamente, esto se usa mucho en la configuración de replicación maestro-maestro.
