Esto parece un caso de doble codificación; No tengo mucha experiencia con Python, pero intente ajustar la configuración de conexión de MySQL según el consejo en http://tahpot.blogspot.com/2005/06/mysql-y-python-y-unicode.html
Lo que supongo que está sucediendo es que la conexión es latin1, por lo que MySQL intenta codificar la cadena nuevamente antes de almacenarla en el campo UTF-8. El código allí, específicamente este bit:
es probablemente lo que quieres.
