Cómo llenar el valor vacío cuando no hay registro en ese día usando el grupo MySQL por

Puede usar un truco para generar una tabla virtual que tenga todas las fechas que necesita con otra tabla (reemplace aux con cualquier tabla en su base de datos con 31 registrados al menos):

SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
FROM
    `aux`,
    (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
WHERE
    @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
LIMIT
    31

Y luego únete a tu mesa en él:

SELECT
    `aux`.`d` as `Date`,
    SUM(IFNULL(`Clicks`, 0))AS `Clicks`,
    DAY(LAST_DAY(NOW())) AS `Monthdays`
FROM (
    SELECT CONVERT(@d := DATE_ADD(@d, INTERVAL 1 DAY), DATE) AS `d`
    FROM
        `aux`,
        (SELECT @d := DATE_SUB(CONVERT(DATE_FORMAT(NOW(), '%Y-%m-01'), DATETIME), INTERVAL 1 DAY)) `x`
    WHERE
        @d < DATE_SUB(NOW(), INTERVAL 1 DAY)
    LIMIT
        31
) aux
LEFT JOIN
    myTbl
    ON `Date` = `aux`.`d`
GROUP BY `aux`.`d`