SELECT id,x,y FROM `chars` WHERE `mapa`='1' and id <> '3'
¿Cuál es el tipo de datos de id ¿aunque? Si es numérico, le gustaría usar
SELECT id,x,y FROM `chars` WHERE `mapa`='1' and id <> 3
En MySQL también puedes usar != en lugar de <> pero <> es ANSI y más portátil
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