Recibí el mismo error y después de buscar en las primeras 4 páginas de Google e intentar todo lo sugerido (reparar tablas, mover my.cnf, borrar bloqueos, reiniciar, etc.) nada funcionó. Resultó que era porque había borrado manualmente algunos registros binarios antiguos (binary.00001, binary.00002, etc.) pero no había actualizado el archivo binary.index para que coincidiera. Eliminé las líneas apropiadas de binary.index y simplemente funcionó.
