Insertando la línea:
<property name="testQuery" value="SELECT 1"/>
en la configuración de la fuente de datos, parece que la conexión se prueba antes de usarla y se vuelve a conectar si está muerta. Lo probé con wait_timeout=60
e incluso con un reinicio del servidor MySQL mientras mi aplicación se estaba ejecutando...
Resultado:¡no más Excepciones y Errores!