Compruebe si existe la columna, si no, agregue MySQL a través de PHP

Puede cambiar su SQL a...

//THIS IS BETTER BUT DONT USE THIS
$qry = "ALTER IGNORE TABLE {$table} ADD {$column} VARCHAR(20);"

En su lugar, use PHP PDO o MySQLi con declaraciones preparadas. En lugar de ese horror heredado con cadenas concatenadas sin escape.

Solución MySQLi:

$mysqli = new mysqli($cfg->host, $cfg->user, $cfg->password, $cfg->db);

if ($mysqli->connect_errno) {
    echo 'Connect failed: ', $mysqli->connect_error, '" }';
    exit();
}

if ($stmt = $mysqli->prepare("ALTER IGNORE TABLE ? ADD ? VARCHAR(20);")) {
    $stmt->bind_param("ss", $table, $column);
    $stmt->execute();
    $stmt->close();
}
$mysqli->close();