Creación de un sistema de mensajería en DB (sobre todo MySQL)

No entiendo tu pregunta aquí.

Su idea es la forma normal de hacer esto. Configuraría una tabla con id_destinatario y id_mensaje y ejecutaría consultas en ella para determinar (por ejemplo) qué mensajes tiene un usuario en particular. También es posible que deba almacenar datos adicionales en esta tabla, como si el usuario ha leído el mensaje, etc., según las necesidades de su aplicación.