No puede mientras join te refieres a usar SQL JOINS . Lo es, porque la consulta SQL siempre se envía a una base de datos o servidor específico.
Debe enviar dos consultas independientes, una para cada base de datos y luego proporcionar algo de lógica en PHP para unirlas mediante array_merge (unión completa) o algunas secuencias de comandos más avanzadas.
No puedo ayudar más sin ver algún código propio.