Concatenar campos de filas con la misma ID en MySQL

Debe agregar group by :

SELECT m.id, GROUP_CONCAT(distinct(g.loc)) 
FROM mutations m JOIN
    genes g
    ON m.id = g.id
GROUP BY m.id;

En el camino, deberías aprender un par de cosas más:

• Usar join explícito sintaxis. Una regla simple:nunca use comas en from cláusula.
• Usar alias de tabla (la m y g ). Hacen que la consulta sea más fácil de escribir y leer.