Un INSERT , UPDATE o DELETE La operación bloquea las tablas relevantes [myISAM] o las filas [InnoDB] hasta que se completa la operación. Si un SELECT viene tratando de leer un objeto bloqueado, esperará a que se complete la operación.
Vale la pena señalar que, a menos que su servidor esté terriblemente sobrecargado, o su INSERT /UPDATE /DELETE número de operaciones en los muchos miles de filas, o ambos, ni siquiera notará la espera.
En resumen:ni te molestes en preocuparte por lo que has descrito.