No realiza una copia de seguridad de information_schema, pero de lo contrario, sí, mantenga una copia de su my.cnf y un volcado de las tablas de mysql db y la configuración de registro. Para hacer esto haz:
mysqldump -u$user -p$pass --all-databases > db_backup.sql
Si va a restaurar a la misma versión de MySQL al 100%, también puede hacer una copia de seguridad apagando su servidor y haciendo una copia completa del contenido de /var/lib/mysql (o donde sea que estén sus archivos de datos) junto con su archivo my.cnf. Luego, simplemente vuelva a colocar la copia en su lugar cuando quiera comenzar a funcionar y encienda su servidor.
