OperationalError:(1045, Acceso denegado para el usuario 'rajendra'@'localhost' (con contraseña:NO))

deberías usar MYSQL_HOST , MYSQL_USER , MYSQL_PASSWORD y MYSQL_DB directivas de configuración:http://flask-mysqldb.readthedocs.org/en/latest /#configuración

app.config['MYSQL_USER'] = 'root'
app.config['MYSQL_PASSWORD'] = '1234'
app.config['MYSQL_DB'] = 'EmpData'
app.config['MYSQL_HOST'] = 'localhost'