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Consultando la base de datos MySQL

Su función devuelve una salida formateada en lugar de la tabla en sí:

$DataSet.Tables[0] | ft -AutoSize

Eliminar el | ft -AutoSize y podrá trabajar con los datos reales de la tabla:

$Result1 = Invoke-MySql -Query $Query1 |
           Where-Object { $_.gid -eq 2122322 } |
           Select-Object -Expand key3

Format-* Los cmdlets son para dar formato a los datos cuando se presentan al usuario. Nunca utilícelos en datos que deban estar sujetos a un procesamiento posterior (básicamente, nunca los use dentro de una función).