Ordenar los datos por PRIMARY KEY . Es probable que sea más rápido clasificar un archivo de 40 GB con el comando sort que hacerlo con MySQL.
Establecer innodb_buffer_pool_size a aproximadamente el 70% de la memoria RAM disponible. ¿Cuánta memoria RAM tienes?
Tener la PRIMARY KEY ya establecido en la mesa.
No tiene índices secundarios o FOREIGN KEYs o Disparadores. Añádelos más tarde. Sí, lleva tiempo.
Confirme que realmente necesitará todos esos índices.
Los datos podrían reducirse ligeramente eligiendo un DECIMAL(20,6) más pequeño que 10 bytes .