Guardar el contenido del archivo de texto en la base de datos:valor de cadena incorrecto:'\xEF\xBB\xBF# W...' para la columna 'contenido' en la fila 1

Estás en el camino correcto. Verifique el juego de caracteres de su base de datos (¿es utf-8?). Si no es así y desea utilizar UTF-8, cambie el juego de caracteres con este comando SQL

alter table yourTableName DEFAULT CHARACTER SET utf8;

Y lee este gran tutorial sobre el uso de UTF-8 en Python si desea volver a convertir su cadena UTF-8.

Puedes quitar el DOM usando este comando