La respuesta está en tu pseudocódigo. La forma más relevante de almacenar sus datos es en una tabla con tres columnas:x y y y value y una restricción única en las dos primeras columnas.
el conjunto de datos proporcionado en su ejemplo se traduciría de la siguiente manera:
x y value
----------------
762 635 26.23
762 762 28.41
762 889 30.60
1016 635 27.61
1016 762 29.91
1016 889 32.31
1270 635 29.06
1270 762 31.48
1270 889 33.91
Con esta estructura de tabla, ahora es una consulta simple:
select value from mytable where x = 762 and y = 889
