El uso del soporte mysql gis mejorará sus velocidades, ya que fue creado para esto. Si está constantemente leyendo y comparando distancias, valdrá la pena usar postgis, que es una base de datos geoespacial de soporte completo. Le permitirá indexar sus puntos para consultas de distancia eficientes. MySQL proporciona soporte limitado y depende de GEOS http://trac.osgeo.org/geos/
http://forge.mysql.com/wiki/GIS_Functions
http://postgis.refractions.net/
El enlace más relevante para esto fue publicado por un comentario de Anigel que da una respuesta exacta a su pregunta Forma más rápida de encontrar la distancia entre dos puntos de latitud/longitud
