Piensa en lo que está haciendo tu código. Cada ciclo, estás redefiniendo el $query variable, de modo que cuando llegue al final, el valor final de $query será lo último que hayas comprobado.
Si aún desea utilizar la misma lógica de bucle que ha escrito, que probablemente no sea la forma más eficiente, entonces deberá ejecutar la consulta cada vez dentro el bucle, de modo que cada consulta que escribas se ejecutará.
Más precisamente, la confusión parece provenir del hecho de que aún no ha descubierto la diferencia entre asignar un valor a una variable y pasar una variable a una función para su ejecución.
