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almacenar el recuento de filas o simplemente contar las filas?

No me preocuparía la carga en la base de datos a menos que realmente encuentre que es un problema. De hecho, la opción de mantener un conteo requiere una actualización adicional en cada operación CRUD, por lo que creo que sería más general que un conteo ocasional. Ir con KISS primero, y si encuentra un problema, arréglelo :)