Intenta cambiar
WHERE username = '$username' AND email = '$email'"
a
WHERE username = '$username' OR email = '$email'"
Editar :Estoy tratando de adivinar lo que estás tratando de hacer aquí. Según su descripción, parece que desea que el nombre de usuario o el correo electrónico sean únicos y tiene dos índices únicos separados en esas columnas. Su código verifica que la combinación de nombre de usuario y correo electrónico sea única.
Editar 2 :Además, creo que es posible que desee analizar los conceptos de Inyección SQL y Concurrencia .