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¿Puedo automatizar la inserción de la contraseña del archivo PEM para certificados SSL en MySQL?

Usa openssl para eliminar la frase de contraseña de su clave privada:

cp mysql.key mysql.key.orig
openssl rsa -in mysql.key.orig -out mysql.key

Se le pedirá la frase de contraseña; luego, la clave se puede usar sin tener que ingresar una contraseña.