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¿Puede usar MySQL para conectarse a una base de datos independiente, p. misdatos.db?

No es posible con la función mysql, pero aún es posible con PDO . La mayoría de los comandos SQL deberían funcionar en cualquier RDBMS basado en SQL.

PDO está destinado a tener una interfaz genérica, por lo que incluso si tuviera una base de datos MySQL, debería considerar desarrollar en PDO .

Aquí hay un ejemplo para SQLLite3:

http://www.if- no-verdadero-entonces-falso.com/2012/php-pdo-sqlite3-example/

Si quieres profundizar en PDO , lee este artículo:

http://code.tutsplus.com/tutorials/por-que-debería-usar-phps-pdo-para-acceso-a-base-de-datos--net-12059