No tengo MySQL en esta máquina para probar pero creo
SELECT myCol
FROM myTable
WHERE myCol REGEXP '^[0-9][0-9][A-Z]$'
Deberías hacerlo. ^ es un ancla para el inicio de la cadena, $ para el final de la cadena y el resto debe explicarse por sí mismo.
Parece que también podría usar REGEXP '^[[:digit:]][[:digit:]][[:alpha:]]$' pero completamente sin probar y saliendo de los documentos.
