mysql selecciona distintos valores delimitados por comas

Divídalo antes de agregarlo todo con DISTINCT. Por supuesto, es mejor normalizar sus datos (no más de 1 valor en una columna)

SELECT
  GROUP_CONCAT( DISTINCT SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(keywords, ',', n.digit+1), ',', -1)) keyword
FROM
  t
  INNER JOIN
  (SELECT 0 digit UNION ALL SELECT 1 UNION ALL SELECT 2 UNION ALL SELECT 3  UNION ALL SELECT 4 UNION ALL SELECT 5 UNION ALL SELECT 6) n
  ON LENGTH(REPLACE(keywords, ',' , '')) <= LENGTH(keywords)-n.digit
WHERE cid=28

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