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Entonces, ¿cuál ES la mejor manera de verificar si existe una fila? EXISTE, COUNT o num_rows?

La opción 3 es la forma más rápida de comprobar si existe una fila si está utilizando MySQL:

$query = mysql_query("SELECT EXISTS(SELECT 1 FROM users WHERE id = 1)")

if (mysql_result($query, 0) == 1)
    // one user, like it should be.

else 
  // do something else