Productos de búsqueda de MySQL con sus atributos

Debe unirse con product_filters por separado para cada atributo:

SELECT DISTINCT products.*  
FROM products
JOIN product_filters AS f1 ON f1.product_id=products.id
JOIN product_filters AS f2 ON f2.product_id=products.id
WHERE ( f1.attribute_id=1 and f1.filter_id in (1,2) )
AND ( f2.attribute_id=3 and f2.filter_id in (6) )

DEMO

Su versión intentó encontrar una sola fila en product_filters que tiene ambos ID de atributo, lo cual no es posible.