MySQL no le permitirá cambiar la indexación de una columna de índice automático una vez que se haya creado. Lo que hago es eliminar la columna Auto-Index y luego agregar una nueva con el mismo nombre, mysql indexará la columna recién generada sin espacios. Solo haga esto en tablas donde el índice automático no sea relevante para el resto de los datos, sino que simplemente se use como referencia para actualizaciones y eliminaciones.
Por ejemplo, recientemente hice eso para una tabla que contenía proverbios donde la columna de índice automático solo se usaba cuando actualizaba o eliminaba un proverbio, pero necesitaba que el índice automático fuera secuencial ya que los proverbios se extraen a través de un número aleatorio entre 1 y el recuento de los proverbios, tener espacios en la secuencia podría haber llevado a que el número aleatorio apuntara a un índice inexistente.
HTH
