MySQL - Buscar en una columna personalizada

No puede hacer referencia en WHERE a alias, use en su lugar:

SELECT country_ID*2/id*3.159 as my_id 
FROM `state`
WHERE (country_ID*2/id*3.159)>2;

o use la subconsulta:

SELECT t.*
FROM
(
   SELECT country_ID*2/id*3.159 as my_id 
   FROM `state`
) as t
WHERE t.my_id>2

Simplificado procesamiento de consultas lógicas , SELECT es casi el último, así que WHERE no sabe sobre my_id alias: