Incluya el número de fila en los nombres de todas las casillas de verificación. Solo se envían las casillas marcadas y PHP las indexará todas desde 0 si no tienen un índice explícito, no verá valores vacíos para las casillas de verificación que se omiten.
for($i=0;$i<$jumlah;$i++) {
echo "<tr>
<td align='center'><input type='text' name='PROSES[]' placeholder='Input Proses $i'/></td>
<td align='center'><input type='checkbox' name='NOTIF[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'> <input type='checkbox' name='REMINDER[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'> <input type='checkbox' name='DECISION[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'> <input type='checkbox' name='AUTHOR[$i]' value='Yes'/></td>
<td align='center'><input type='text' name='SIAPA[]' size='40' placeholder='dari siap ke siapa' /></td>
</tr>";
}//end for
