Puede usar @Table(catalog="") para especificar la base de datos a la que pertenecen y luego también pueden hacer una relación entre la base de datos.
en tu caso Wheel asigna a DB1, Car a DB2 y MotorCycle a DB3 utilizando el atributo de catálogo.
He usado esta solución con MySQL y MSSQL y funciona perfectamente bien. la única restricción que tiene las tres bases de datos debe estar en el mismo servidor de base de datos y el usuario que se utiliza para acceder a la base de datos debe tener el permiso adecuado para todas las bases de datos.
Como esta solución solo agrega el nombre del esquema contra la tabla en todas las consultas.
