Por favor, haga esto:
1- Primero instale una nueva versión del servidor mySQL.
2- Cree una nueva base de datos
3- Configure en Django configuraciones como esta:
DATABASES = {
'default': {
'ENGINE': 'django.db.backends.mysql',
'NAME': 'db_name',
'USER': 'root',
'PASSWORD': 'db_pass',
'HOST': 'localhost', # Or an IP Address that your DB is hosted on
'PORT': '3306',
'OPTIONS': {"init_command": "SET storage_engine=MyISAM"},
}
4- Vuelva a ejecutar syncdb
5- Vuelva a ejecutar migrate
Espero que esto funcione