Su libpq, que usa psycopg2, espera que el socket de Postgres esté en /var/run/postgresql/ pero cuando instala Postgres desde la fuente, está por defecto en /tmp/ .
Compruebe si hay un archivo /tmp/.s.PGSQL.5432 en lugar de /var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432 . Prueba:
conn=psycopg2.connect(
database="mydb",
user="postgres",
host="/tmp/",
password="123"
)