Después de una lucha larga y brutal, creo que solucioné este problema simplemente haciendo la estrategia de la que otros hablan, pero usando la función de conexión psycopg2:
from psycopg2 import connect
conn = connect(
database=database,
user=username,
password=password,
host=hostname,
port=port,
connect_timeout=3,
# https://www.postgresql.org/docs/9.3/libpq-connect.html
keepalives=1,
keepalives_idle=5,
keepalives_interval=2,
keepalives_count=2)
Estaba viendo que psycopg2 se bloqueaba constantemente en consultas de ejecución prolongada, pero ahora el problema parece estar completamente resuelto.
Tenga en cuenta que esta puede ser una nueva funcionalidad, ya que esta pregunta es antigua.
