Algo como esto:
select *
from (
select userid,
letter,
dense_rank() over (partition by userid order by count(*) desc) as rnk
from letters
group by userid, letter
) t
where rnk <= 2
order by userid, rnk;
Tenga en cuenta que reemplacé user
con userid
porque usar palabras reservadas para las columnas es un mal hábito.
Aquí hay un SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!12/ec3ec/1