knex:¿cuál es la forma adecuada de crear una matriz a partir de los resultados?

Suponiendo que está usando Postgres, debe usar array_agg función para generar arreglos. Sugeriría usar knex.raw

Por favor, hágame saber si esto funciona.

   knex('users')
    .innerJoin('user_emails','users.id','user_emails.user_id')
    .select([
      'users.id as userID',
      'users.name as userName',
      knex.raw('ARRAY_AGG(user_emails.adress) as email')
    ])
    .groupBy('users.id','users.name')