¿Puede copiar el marco de datos en un archivo de texto delimitado por tabulaciones o csv y luego cargarlo en PostgreSQL con el comando COPY FROM [1]? Eso implementa un enfoque de carga masiva que puede funcionar más rápido.
En algunos casos, puede ser posible usar un RScript para emitir los datos como un flujo y canalizarlos directamente a psql:
<RScript output tab delmited rows> | psql -c "COPY <tablename> (columnlist, ...) FROM STDIN WITH (FORMAT text)"
En algunos casos de larga duración, pongo | vv | en el medio para seguir el progreso (http://www.ivarch.com/programs/pv. shtml ).
[1] http://www.postgresql.org/docs/ actual/interactivo/sql-copy.html