¿Cómo construimos una tabla normalizada a partir del archivo de texto desnormalizado uno?

Usando gnu awk (debido a la RS)

awk '{$1=$1} NR%2==1 {printf "%s,",$0} NR%2==0' RS="[,\n]" file
XXXXXXXXXX,YYYYYYYYYY
TTTTTTTTTTT,UUUUUUUUUU
RRRRRRRRR,JJJJJJJJJ
111111111111,22222222222
333333333333,44444444
5555555,666666
EEEEEEEE,WWWWWW
QQQQQQQ,PPPPPPPP

{$1=$1} Limpia y elimina espacios adicionales
NR%2==1 {printf "%s,",$0} imprime partes impares
NR%2==0 imprime la parte par y la nueva línea
RS="[,\n]" establece el registro en , o nueva línea