Según mi sugerencia en su otra pregunta:
Inicie psql your_database y emita \d para ver las tablas.
No estoy familiarizado con Hibernate, pero lo más probable es que declaraciones como @Table(name="DEPARTMENT") estén creando tablas que en realidad se llamen "DEPARTMENT", mientras que sus consultas en realidad consultan desde DEPARTMENT (sin las comillas dobles), que postgresql interpretará como departamento.
Si es así, la solución es usar minúsculas para los nombres de sus tablas al crearlas, o hacer que Hibernate use comillas dobles y mayúsculas al consultar sus tablas.
