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Almacenamiento de valores de matriz en enteros

42703 significa undefined_column - esto sucede porque usa comillas dobles alrededor de "$2","$3" y las comillas dobles identifican objetos db (en esta parte de la consulta - columnas). Eliminarlos para ser:

db.query('INSERT INTO users(name,student_id) VALUES($1,ARRAY[$2,$3]::INTEGER[]) RETURNING *', [data.name, data.id])
.then(function(user) { })
.catch(function(err) {
    return callback(null, err);
})