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¿Cómo configurar la zona horaria en la conexión postgresql jdbc creada por flyway?

En lugar de simplemente darle una fecha, que postgres debe interpretar, sería mejor especificar completamente la marca de tiempo:

insert into my_table(my_date_time)
select '2000-01-01T00:00:00+00';

Si eso no es posible, puede intentar ejecutar mvn con -Duser.timezone=UTC pero especificar completamente la marca de tiempo es la mejor opción, ya que no deja lugar a errores de interpretación o configuración.