El uso de ~ sugiere que está utilizando Postgres. Si es así, las dos consultas están haciendo cosas muy diferentes. En Postgres, no incluye la tabla que se actualiza en from cláusula.
Entonces, creo que quieres:
update fromemailaddress
set call = true
from email
where email.fromemailaddress = fromemailaddress.fromemailaddress and
LOWER(email.subject) ~ 'tester';
Su versión está actualizando todas las filas en fromemailaddress porque no hay ninguna condición para conectar fromemailaddress en la update cláusula y fea en el from cláusula.
También tenga en cuenta:la left join es innecesario porque el where la cláusula lo convierte en una unión interna de todos modos.
