Tengo buenas noticias para todos ustedes. Hay un complemento de SSMS para esto. Permite organizar en carpetas personalizadas todas las bases de datos, procedimientos almacenados y otros objetos de bases de datos también. Como si se tratara de una funcionalidad nativa de SQL Server Management Studio.
El nombre de la herramienta es SQL Handy Groupie y se puede encontrar en www.skilledsoftware.com . Diviértete.