Esta es la cadena de conexión con contraseña
Data Source=filename;Version=3;Password=myPassword;
Como dijiste, usas Navicat para configurar el cifrado sqlite. El cifrado significa que has cifrado la base de datos, es diferente de establecer una contraseña para una base de datos.
al establecer una contraseña para una base de datos, pruebe este código..
//create file
SQLite.SQLiteConnection.CreateFile("c:\\mydatabase file.db3")
Dim cn As New SQLite.SQLiteConnection
//set password
cn.ChangePassword("paxword")
//remove password
cn.ChangePassword("")
Retire el cifrado primero ..