¿Qué versión de phpMyAdmin está usando en cada sistema? Hay un error con la versión 4.6.5.1 que causa este problema en la exportación. Se lanzó phpMyAdmin 4.6.5.2 para solucionar este problema, o puede usar este parche si lo deseas.
Editado para incluir la noticia de que se ha lanzado 4.6.5.2
