Tuve el mismo problema e hice una clase PHP liviana para formatear/resaltar la sintaxis.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
No lo he probado completamente con consultas complejas (subselecciones, uniones, etc.), pero parece funcionar bastante bien para casos comunes.
Para obtener resultados completamente precisos, realmente necesita un analizador SQL completo como el que usa phpMyAdmin, pero eso usa más de 10,000 líneas de código repartidas en muchos archivos y probablemente sea excesivo para una depuración simple.
