Solo una nota si alguien tiene problemas similares:
Tuve un problema similar:inserte una consulta que funciona en PHPMyAdmin pero no funciona en PHP y no emite ningún error (el resultado fue verdadero todo el tiempo).
La razón es que estaba iniciando una transacción pero olvidé confirmarla...
$mysqli->autocommit(FALSE);
$mysqli->query( "START TRANSACTION" );
Nunca olvides esto:
$mysqli->commit();
Es un error tonto, lo sé, pero estaba tan concentrado en el misterio de la consulta que olvidé las declaraciones de transacción unas líneas más arriba.
