Las claves foráneas en MyISAM son solo para fines de asesoramiento. Puede mirarlos para ver dónde sería la integridad referencial ser, si los hubiere. Es más fácil entender el esquema de esa manera que adivinar las relaciones mirando los índices creados como efecto secundario.
No sé por qué desaparecería en phpMyAdmin, a menos que sea un problema de configuración (creo que la vista se puede desactivar)?
