Aquí está la respuesta en caso de que alguien busque y encuentre la página.
El error fue causado por datos antiguos en el caché del navegador y en las cookies. Limpié la memoria caché de mi navegador, eliminé todas las cookies de dominio y de sesión y desapareció.
Me encontré con un error horrendo en la configuración de funciones avanzadas:
Los scripts de creación de tablas solicitan la creación de tablas con el formato "pma__tablename", mientras que el script de configuración desea cargar tablas con el formato "pma_tablename". La diferencia no es evidente, pero el script sql del archivo de compilación tiene dos guiones bajos. PhpMyAdmin se quejaría de que la tabla ya existía y no la crearía. Me volvió loco hasta que encontré una publicación en este sentido.
Hice una búsqueda de "pma__" y reemplacé todo con "pma_" y ejecuté el script de creación de tablas y todo se estabilizó.
PhpMyAdmin 4.3.6 ahora funciona sin problemas en mi sistema local.
Perdón por la falsa alarma, pero el mensaje de error me envió en la dirección equivocada.
